中国组织工程研究

中国组织工程研究 ›› 2017, Vol. 21 ›› Issue (25): 4068-4074.doi: 10.3969/j.issn.2095-4344.2017.25.022

• 干细胞基础实验 basic experiments of stem cells • 上一篇    下一篇

人类白细胞抗原E基因全长序列测定及两个新等位基因的鉴定

何柳媚，王宋兴，徐筠娉   

  1. 深圳市血液中心，深圳市组织配型与免疫遗传重点实验室，广东省深圳市 518035
  • 修回日期:2017-05-27 出版日期:2017-09-08 发布日期:2017-10-09
  • 通讯作者: 徐筠娉，博士，副主任技师，深圳市血液中心, 深圳市组织配型与免疫遗传重点实验室, 广东省深圳市 518035
  • 作者简介:何柳媚，1980年生，广东省深圳市人，汉族，2005年暨南大学毕业，硕士，副主任技师，主要从事组织配型与免疫遗传学研究。
  • 基金资助:

    广东省医学科研基金(A2016222)资助；深圳市科技研发资金(GJHZ20160229170608241)

Identification of genomic full-length sequence of human leukocyte antigen-E and its two novel alleles

He Liu-mei, Wang Song-xing, Xu Yun-ping   

  1. Shenzhen Key Laboratory of Tissue Typing and Immunogenetics, Shenzhen Blood Center, Shenzhen 518035, Guangdong Province, China
  • Revised:2017-05-27 Online:2017-09-08 Published:2017-10-09
  • Contact: Xu Yun-ping, Ph.D., Associate chief technician, Shenzhen Key Laboratory of Tissue Typing and Immunogenetics, Shenzhen Blood Center, Shenzhen 518035, Guangdong Province, China
  • About author:He Liu-mei, Master, Associate chief technician, Shenzhen Key Laboratory of Tissue Typing and Immunogenetics, Shenzhen Blood Center, Shenzhen 518035, Guangdong Province, China
  • Supported by:

    the Medical Research Fund of Guangdong Province, No. A2016222; the Science and Technology Development Fund of Shenzhen, No. GJHZ20160229170608241

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摘要：

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文题释义：
人类白细胞抗原(human leukocyte antigen，HLA)：该系统是目前所知人体最复杂的多态系统。自1958年发现(Jean Dausset)第一个HLA抗原，到20世纪70年代，HLA便成为免疫遗传学、免疫生物学和生物化学等学科的一个重要新兴研究领域。现在，已基本弄清其系统的组成、结构和功能，阐明了其理化性质和生物学作用。这些研究成果不仅具有重要的理论意义，而且具有巨大的生物医学价值。
等位基因(allele)：位于一对同源染色体的相同位置上控制某一性状的不同形式的基因。不同的等位基因产生例如发色或血型等遗传特征的变化。等位基因控制相对性状的显隐性关系及遗传效应，可将等位基因区分为不同的类别。在个体中，等位基因的某个形式(显性的)可以比其他形式(隐性的)表达得多。

 

摘要
背景：人类白细胞抗原E是非经典的人类白细胞抗原I类分子，目前的多态性分析研究主要针对其第3外显子人类白细胞抗原E*01:01及人类白细胞抗原E*01:03进行区分，然而其全基因序列测定方法及新等位基因报道尚不多见。
目的：利用中国深圳地区无偿献血正常个体建立人类白细胞抗原E基因全长序列测序分型方法，鉴定人类白细胞抗原E基因全长序列新的等位基因。
方法：提取研究对象外周血DNA，根据IMGT/HLA数据库中公布的人类白细胞抗原E基因序列，在保守区设计全基因扩增及测序引物，利用高保真反应体系对人类白细胞抗原E全长序列进行扩增，随后测序、拼接、序列确认及基因定型。
结果与结论：①成功建立了人类白细胞抗原E的全基因扩增及测序分型方法，发现了两个人类白细胞抗原E新等位基因——人类白细胞抗原E*01:01:01:06与人类白细胞抗原E*01:01:01:07，获得了WHO人类白细胞抗原命名因子委员会的命名；②人类白细胞抗原E*01:01:01:06与其最接近的等位基因人类白细胞抗原E*01:01:01:01相比，突变位点在5’ -启动子区的NT-26(G->T)，人类白细胞抗原E*01:01:01:07与其最接近的等位基因人类白细胞抗原E*01:01:01:01相比，突变位点在3’-非翻译区的NT3345位(T->C)；③结果提示，中国人群中人类白细胞抗原E全基因序列多态性数据有待填补，试验建立的方法为该项研究提供了关键的技术。

中国组织工程研究杂志出版内容重点：干细胞；骨髓干细胞；造血干细胞；脂肪干细胞；肿瘤干细胞；胚胎干细胞；脐带脐血干细胞；干细胞诱导；干细胞分化；组织工程
ORCID: 0000-0001-5840-011X(何柳媚)

关键词: 干细胞, 移植, 人类白细胞抗原E, PCR-SBT, 全基因序列测定, 新等位基因, 多态性

Abstract:

BACKGROUND: Human leukocyte antigen-E (HLA-E) is one of non-classical HLA class I genes. Up to now, the polymorphism analysis is mainly aimed at the variation in exon 3 of HLA-E, which determines HLA-E*01:01 or HLA-E*01:03. However, the identification of the full-length HLA-E and its novel alleles is rare reported.
OBJECTIVE: To establish the method of identification of HLA-E genomic full-length sequence, and to identify its novel alleles in healthy blood donors in Shenzhen, China.
METHODS: Peripheral blood DNA samples were extracted from the subjects, and the amplified primers and sequencing primers in conserved regions were designed according to the sequences of HLA-E published in the IMGT/HLA database. A high-fidelity reaction system was used to amplify the genomic full-length of HLA-E, followed by sequencing, assembling, confirming and typing.
RESULTS AND CONCLUSION: Herein, we successfully established the method for amplifying genomic full-length sequence and sequence-based typing. Two novel HLA-E alleles were nominated by WHO HLA Nomenclature committee as HLA-E*01:01:01:06 and HLA-E*01:01:01:07. Compared with the most related allele HLA-E*01:01:01:01, HLA-E*01:01:01:06 had one nucleotide change at nt-26(G->T) in 5’-promoter, and HLA-E*01:01:01:07 had one nucleotide change at nt3345(T->C) in 3’-UTR. The polymorphism data of genomic full-length HLA-E in Chinese individuals need to be filled, and the method we developed here supplies the key technique for the further studies. 

中国组织工程研究杂志出版内容重点：干细胞；骨髓干细胞；造血干细胞；脂肪干细胞；肿瘤干细胞；胚胎干细胞；脐带脐血干细胞；干细胞诱导；干细胞分化；组织工程

Key words: HLA Antigens, Alleles, Tissue Engineering

中图分类号: