分子对接与网络药理学分析砂淋汤调控晶体稳态平衡：活性成分及多靶点机制

doi:10.12307/2026.906

中国组织工程研究 ›› 2026, Vol. 30 ›› Issue (36): 9613-9620.doi: 10.12307/2026.906

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分子对接与网络药理学分析砂淋汤调控晶体稳态平衡：活性成分及多靶点机制

苏刚岭1，2，刘春英3，崔杨晴2，周少虎3，刘石勇2，吴治民2

1广州中医药大学，广东省广州市 510000；2广州中医药大学第三附属医院，广东省广州市 510000；3广州中医院大学第一附属医院，广东省广州市 510000

收稿日期:2026-01-24 修回日期:2026-03-09 出版日期:2026-12-28 发布日期:2026-05-26
通讯作者: 吴治民，博士，主治医师，广州中医药大学第三附属医院，广东省广州市 510000
作者简介:苏刚岭，男，1983年生，汉族，河南省开封市人，博士研究生，主治医师，主要从事中西医结合防治泌尿外科、男科研究。
基金资助:
广东省中医药局科研项目(20231159)

Molecular docking and network pharmacology analyses of Shalin Decoction in regulating crystal homeostasis: active components and multi-target mechanisms

Su Gangling1, 2, Liu Chunying3, Cui Yangqing2, Zhou Shaohu3, Liu Shiyong2, Wu Zhimin2

1Guangzhou University of Chinese Medicine, Guangzhou 510000, Guangdong Province, China; 2Third Affiliated Hospital of Guangzhou University of Chinese Medicine, Guangzhou 510000, Guangdong Province, China; 3First Affiliated Hospital of Guangzhou University of Chinese Medicine, Guangzhou 510000, Guangdong Province, China

Received:2026-01-24 Revised:2026-03-09 Online:2026-12-28 Published:2026-05-26
Contact: Wu Zhimin, PhD, Attending physician, Third Affiliated Hospital of Guangzhou University of Chinese Medicine, Guangzhou 510000, Guangdong Province, China
About author:Su Gangling, PhD candidate, Attending physician, Guangzhou University of Chinese Medicine, Guangzhou 510000, Guangdong Province, China; Third Affiliated Hospital of Guangzhou University of Chinese Medicine, Guangzhou 510000, Guangdong Province, China
Supported by:
Scientific Research Project of Guangdong Provincial Administration of Traditional Chinese Medicine, No. 20231159

摘要/Abstract

摘要：

文题释义：
网络药理学：是一门融合系统生物学、多向药理学、计算生物学和网络分析等多学科知识的新兴学科。网络药理学通过整合高通量数据与生物信息学工具，能够从系统层面构建“药物-成分-靶点-疾病”的多维互作网络，从而全景式地预测中药复方的潜在作用机制。
分子对接：是一种基于计算机模拟的结构生物信息学方法。它通过计算来预测小分子(如药物候选化合物)与生物大分子(通常是蛋白质，即靶点)之间最可能的结合模式和结合强度。分子对接技术作为重要的虚拟验证手段，能够在原子水平模拟活性成分与核心靶点蛋白的结合模式与亲和力，为网络预测提供关键的结构生物学依据。

背景：中药砂淋汤可显著抑制晶体形成。现有研究初步揭示了砂淋汤组方药材的多靶点调节潜力，但其明确的药效背后蕴藏着尚未被清晰揭示的系统性调控网络。
目的：采用网络药理学与分子对接算法，明确砂淋汤的潜在活性成分、作用靶蛋白及其相互作用关系，揭示砂淋汤治疗肾结石的潜在分子机制。
方法：从TCMSP数据库(中药系统药理学数据库与分析平台)中检索砂淋汤的化合物成分，并筛选出潜在的类药分子及相关药物成分。基于GeneCard数据库中与肾结石相关的基因，确定砂淋汤的潜在作用靶点。随后，利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络，并提取核心节点进行基因本体论和京都基因与基因组百科全书KEGG通路富集分析。通过BioGPS数据库分析核心基因在组织器官中的表达分布。此外，采用分子对接技术可视化潜在靶蛋白与对应化合物之间的结合亲和力。
结果与结论：通过TCMSP数据库筛选得到砂淋汤的15个潜在活性药物成分及74个作用靶蛋白。蛋白质-蛋白质相互作用网络分析显示，白细胞介素6(IL6)、半胱天冬酶3(CASP3)、肿瘤坏死因子(TNF)、原癌基因蛋白JUN(JUN)、B细胞淋巴瘤2蛋白(BCL2)、过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARG)、转化生长因子β1(TGFB1)和原癌基因蛋白FOS(FOS)为度值最高的核心节点。富集分析结果表明，这些靶基因与肾结石相关的基因本体功能条目及京都基因与基因组百科全书KEGG通路存在显著关联。此外，分子对接结果显示，氢键和疏水相互作用是活性成分与靶蛋白实现稳定结合的关键作用方式。
https://orcid.org/0009-0001-4005-9416(苏刚岭)

中国组织工程研究杂志出版内容重点：干细胞；骨髓干细胞；造血干细胞；脂肪干细胞；肿瘤干细胞；胚胎干细胞；脐带脐血干细胞；干细胞诱导；干细胞分化；组织工程

关键词: 砂淋汤, 肾结石, 多靶点机制, 分子对接, 靶蛋白

Abstract: BACKGROUND: Shalin Decoction, a traditional Chinese medicine formula, has been shown to significantly inhibit crystal formation. Although preliminary studies have revealed the multi-target regulatory potential of its compositions, the systemic regulatory network underlying its therapeutic effects remains to be fully elucidated.
OBJECTIVE: To identify the potential active components, target proteins, and their interaction networks in Shalin decoction using network pharmacology and molecular docking approaches, and to explore its potential molecular mechanisms in treating kidney stones.
METHODS: The active compounds of Shalin Decoction were retrieved from the TCMSP database (Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform), and potential drug-like molecules were screened. Candidate targets of Shalin Decoction were identified by intersecting with kidney stone-related genes from the GeneCard database. A protein-protein interaction network was then constructed using the STRING database, and core targets were extracted for Gene Ontology and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes pathway enrichment analyses. Tissue-specific expression of core genes was analyzed using the BioGPS database. Molecular docking was further employed to visualize the binding affinities between potential targets and their corresponding compounds.
RESULTS AND CONCLUSION: A total of 15 potential active ingredients and 74 corresponding targets of Shalin Decoction were screened from the TCMSP database. Protein-protein interaction network analysis identified interleukin-6, caspase-3, tumor necrosis factor, proto-oncogene protein JUN, B-cell lymphoma 2, peroxisome proliferator-activated receptor gamma, transforming growth factor beta 1, and proto-oncogene protein FOS as the core targets with the highest degree centrality. Enrichment analysis indicated that these targets were significantly associated with kidney stone-related biological processes and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes pathways. Molecular docking further confirmed that hydrogen bonding and hydrophobic interactions were key forces mediating the stable binding between active compounds and their target proteins.

Key words: Shalin Decoction, kidney stones, multi-target mechanism, molecular docking, target protein

中图分类号:

苏刚岭, 刘春英, 崔杨晴, 周少虎, 刘石勇, 吴治民. 分子对接与网络药理学分析砂淋汤调控晶体稳态平衡：活性成分及多靶点机制[J]. 中国组织工程研究, 2026, 30(36): 9613-9620.

Su Gangling, Liu Chunying, Cui Yangqing, Zhou Shaohu, Liu Shiyong, Wu Zhimin. Molecular docking and network pharmacology analyses of Shalin Decoction in regulating crystal homeostasis: active components and multi-target mechanisms[J]. Chinese Journal of Tissue Engineering Research, 2026, 30(36): 9613-9620.

图/表（结果） 7

2.1 砂淋汤的成分-靶标网络分析以黄芪、白芍、知母为砂淋汤的组成药材，按口服生物利用度> 25%且类药性> 0.2 的标准筛选活性成分，最终得到砂淋汤的15个活性成分、74个靶基因及549对“成分-靶基因”相互作用对，15个活性成分的名称及来源详见表2。如图1A所示，黄芪、白芍、知母三者的活性成分无明显重叠，提示该方剂中不同药材在发挥作用时具有互补性。对砂淋汤的101个潜在靶基因与4 400个肾结石相关基因进行交集分析，结果显示两者存在74个重叠基因(图1B)，表明砂淋汤的大部分靶基因均与肾结石直接相关。基于上述“成分-靶基因”相互作用对构建并可视化药物-基因网络(图1C)，结果显示山柰酚(kaempferol，编号MOL000422)是作用靶基因数量最多的活性成分(共调控24个靶基因)；除过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARG)外，其余靶基因均仅对应1个活性成分。以上结果提示，砂淋汤可能通过“多成分-多靶基因”的模式发挥抗肾结石作用。

2.2 靶基因的蛋白质-蛋白质相互作用网络分析为探究砂淋汤治疗肾结石的作用机制，通过分析74个交集靶基因中任意两个基因编码蛋白质的相互作用路径，构建蛋白质-蛋白质相互作用网络(图2A)。该网络共包含549条相互作用边(edges)和72个节点(nodes)，其中度值最高的核心节点为白细胞介

素6(IL6)、肿瘤坏死因子(TNF)、半胱天冬酶3(CASP3)和原癌基因蛋白JUN。选取度值最高的节点构建核心蛋白质-蛋白质相互作用网络(图2B)，各核心节点的具体度值如图2C所示。采用MCODE插件对蛋白质-蛋白质相互作用网络进行聚类分析，共得到3个主要聚类模块：CYPs-ARs聚类、AR-CYPs聚类及VCAM1-MMP1聚类(图2D-F)。上述结果表明，砂淋汤的靶基因可能通过调控肾结石形成过程中的关键通路发挥作用。
2.3 基因本体GO功能富集分析为明确砂淋汤在肾结石预防与治疗中的作用，选取蛋白质-蛋白质相互作用网络中度值排名前50的核心靶基因进行GO功能富集分析，将富集结果分为生物学过程(BP)、分子功能(MF)和细胞组分(CC)三个维度，通过气泡图可视化(图3A-C)。生物学过程：最显著富集的条目为“外源性物质刺激反应(response to xenobiotic stimulus)”和“营养水平反应(response to nutrient levels)”；分子功能：富集最显著的条目集中在转录调控相关功能，包括“DNA结合转录因子结合(DNA-binding transcription factor binding)”和“RNA聚合酶特异性DNA结合转录(RNA polymerase-specific DNA binding transcription)”。
根据基因计数(count)和P值对富集条目进行排序，结果如图3D，E所示。上述结果进一步证实，砂淋汤的核心靶基因主要富集于与肾结石发生发展相关的功能通路。
2.4 KEGG 富集分析对蛋白质-蛋白质相互作用网络中度值前50的核心靶基因进行KEGG通路富集分析，共涉及359条经典通路，其中109条通路达到显著富集水平(假发现率FDR < 0.01)。选取富集最显著的15条通路，通过气泡图展示其校正后P值(adjusted P-value)与基因比例(图4A)，这些通路包括“脂质与动脉粥样硬化通路(lipid and atherosclerosis)”“糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路(AGE?RAGE signaling pathway in diabetic complications)”及多条免疫相关通路(图4D)。此外，构建“砂淋汤活性成分-靶基因-富集通路”关联网络(图4C)，该网络包含414条边和119个节点，其中山柰酚(MOL000422)和蔗糖(sucrose，编号 MOL000843)是连接靶基因数量最多的活性成分，蛋白激酶Cα(PRKCA)和丝裂原活化蛋白激酶8(MAPK8)为核心靶基因。采用桑基图可视化富集通路与靶基因的关联关系(图4B)。以上结果表明，砂淋汤可能通过调控多条经典通路发挥抗肾结石作用。
2.5 器官/组织-靶基因网络分析检测74个交集靶基因在84种组织/器官中的表达水平，取重复样本的平均表达值进行z值转换，将z值> 3的基因定义为在该组织/器官中“特异性表达”。基于此构建并可视化器官/组织-靶基因网络(图5)，该网络包含112个节点(74个靶基因+38种组织/器官)和123条边，其中度值最高的组织/器官依次为：肝脏(Liver，度值10)、CD105阳性内皮细胞(CD105._Endothelial，度值8)、B淋巴细胞(B_lymphoblasts，度值8)、平滑肌(SmoothMuscle，度值7)、CD33阳性髓系细胞(CD33._Myeloid，度值7)、CD14阳性单核细胞(CD14._Monocytes，度值6)、前额叶皮质(PrefrontalCortex，度值4)、视网膜(retina，度值4)、CD71阳性早幼红细胞(CD71._EarlyErythroid，度值4)、胎盘(Placenta，度值4)。结果显示，多种组织/器官可同时表达多个靶基因，且多数靶基因在两种及以上组织/器官中表达，提示肾结石的形成涉及多组织/器官协同作用；值得注意的是，肝脏等代谢相关组织及免疫细胞的度值最高，表明这些组织/器官在肾结石发生过程中可能发挥关键作用。
2.6 分子对接验证为验证网络药理学分析结果的可靠性，通过分子对接评估砂淋汤活性成分与核心靶蛋白的结合能力。基于蛋白质-蛋白质相互作用网络的节点度值，选取4个核心靶基因(JUN、IL6、CASP3、TNF)编码的蛋白进行对接实验。结果显示，与其他蛋白相比，JUN、IL-6、CASP3、TNF蛋白与对应活性成分的对接得分更低(图6A-D)，提示这些蛋白与活性成分的结合亲和力更强，可能是砂淋汤发挥抗肾结石作用的潜在关键靶标。

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引言

中药复方是中医药体系的核心，其“多成分、多靶点、整体调节”的治疗特点，在应对复杂性疾病方面展现出独特优势[1-2]。然而，中药复方中存在数量庞大的化学成分，且与人体内错综复杂的生物网络之间相互作用，传统研究模式难以系统解析其整合作用机制，这严重制约了中药的现代化与国际认可进程[3]。
砂淋汤是一则临床疗效确切的经典方剂，出自《医学衷中参西录》，是治疗石淋的代表方剂，以白芍、黄芪、知母为主要组成，兼具“活血柔肝、益气利水、滋阴清热”之效，契合肾结石“本虚标实”的中医病机。然而，砂淋汤的现代药理学机制尚未系统阐明，制约了其临床推广与科学价值的深度挖掘。现有研究初步揭示了砂淋汤组方药材的多靶点调节潜力。白芍可通过调节尿液中草酸、钙及柠檬酸的代谢平衡，有效抑制草酸钙晶体的形成与聚集[4]；黄芪作为益气扶正的要药，其活性成分菝葜皂苷元能通过干预NLRP3炎症小体通路减轻肾脏局部炎症与纤维化进程[5]，并在复方知柏地黄丸中表现出抗肾小管上皮细胞凋亡的作用[6]；知母虽现代研究相对薄弱，但中医理论认为其可“泻肾火、滋肾阴”，有助于改善结石形成的“湿热蕴结”微观环境。这些发现提示，砂淋汤可能通过“成分-靶点-通路”的多维网络发挥整合调节作用，其明确的药效背后蕴藏着尚未被清晰揭示的系统性调控网络。阐明该方剂通过何种活性成分群、作用于哪些关键靶点、并协同调控哪些生物学通路以发挥整体疗效，已成为推动其临床应用标准化与现代发展的关键科学问题。
近年来，计算生物学方法的融合为破解这一难题提供了全新范式。其中，网络药理学通过整合高通量数据与生物信息学工具，能够从系统层面构建“药物-成分-靶点-疾病”的多维互作网络，从而全景式地预测中药复方的潜在作用机制[7]。而分子对接技术则作为重要的虚拟验证手段，能够在原子水平模拟活性成分与核心靶点蛋白的结合模式与亲和力，为网络预测提供关键的结构生物学依据[8]。两者的结合，实现了从“系统预测”到“靶点验证”的闭环分析，是当前阐释中药复方多靶点机制最为有力的计算策略之一[9-10]。
基于此，此次研究旨在采用分子对接与网络药理学相结合的整合分析策略，对砂淋汤的系统性药理机制进行深入探索。首先，基于TCMSP数据库筛选砂淋汤的活性成分群，构建“药物-成分-靶点”多维网络；进而，通过蛋白质相互作用网络分析识别核心作用靶点；最后，利用分子对接技术验证关键成分与核心靶点间的稳定结合能力，从原子层面阐释其相互作用模式。该研究不仅为阐释砂淋汤“清热利湿、益气养阴”治疗石淋的中医理论提供了现代科学依据，也推动了中药复方研究从“经验用药”向“机制明晰”的范式转变，为中药现代化与国际化提供了典型范例。
中国组织工程研究杂志出版内容重点：干细胞；骨髓干细胞；造血干细胞；脂肪干细胞；肿瘤干细胞；胚胎干细胞；脐带脐血干细胞；干细胞诱导；干细胞分化；组织工程

材料方法

1 资料和方法 Data and methods
1.1 设计网络药理学分析。
1.2 时间及地点研究于2025年在广州中医药大学第三附属医院完成。
1.3 资料文章中应用的网络药理学数据库介绍，见表1。所有数据库是完全开放的、免费访问的在线数据库，其数据来源已经过严格的伦理审查。
1.4 方法
1.4.1 砂淋汤活性成分及潜在靶基因筛选从TCMSP 数据库中获取砂淋汤各组成药材的活性成分及其关联靶基因[11]。采用口服生物利用度(oral bioavailability，OB)和类药性(drug-like，DL)作为筛选参数[12-13]，保留同时满足口服生物利用度> 25% 且类药性> 0.2的活性成分用于后续分析，剔除不符合该标准的成分。
1.4.2 肾结石相关基因的筛选与交集分析在 GeneCard数据库和GeneRIF数据库中[14-15]，通过在全字段搜索关键词“kidney stone”(肾结石)和“nephrolithiasis”(肾结石病)，获取肾结石相关基因；整合两个数据库中的基因，形成完整的肾结石相关基因集。利用R语言“venn”包绘制韦恩图，可视化砂淋汤靶基因与肾结石相关基因的交集，筛选出两者共有的交集基因(即砂淋汤潜在的抗肾结石靶基因)。

1.4.3 蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络与药物-靶标网络构建从STRING数据库(人类物种)中下载上述交集基因对应的蛋

白质-蛋白质相互作用对，为保证相互作用的可靠性，剔除综合得分(combined score) < 900的低置信度相互作用对。使用R语言“igraph”包中的“Dijkstra”算法，分析任意两个交集基因对应的蛋白质之间的相互作用路径；将筛选后的相互作用数据导入Cytoscape软件[16]，手动调整可视化参数后构建并展示蛋白质-蛋白质相互作用网络。计算网络中每个节点(蛋白质)的度值(degree)，选取度值最高的节点构建核心蛋白质-蛋白质相互作用网络，同样使用Cytoscape软件进行可视化。此外，从TCMSP数据库中提取筛选后的砂淋汤活性成分与对应靶基因的相互作用对，通过Cytoscape软件构建药物-靶标网络，将靶基因与活性成分分别进行布局排列，并手动调整参数以优化网络可视化效果。

1.4.4 器官-靶标网络构建肾结石的形成涉及多组织、多器官参与的复杂代谢通路。利用BioGPS数据库获取上述交集靶基因在不同组织器官中的表达信息[17]：若单个基因对应多个探针，则保留该基因的特异性探针；对每个基因在84种组织器官中的表达丰度进行z值转换，当某一组织/器官中基因的z值> 3时，判定该基因在该组织/器官中特异性表达。基于上述结果，使用Cytoscape软件构建并可视化基因-组织/器官网络(即器官-靶标网络)。
1.4.5 基因本体GO(Gene Ontology)功能富集分析与京都基因与基因组百科全书KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路富集分析选取蛋白质-蛋白质相互作用网络中度值排名前50的核心靶基因，采用R语言“clusterProfiler”包分别进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析[18]。其中，GO功能富集分析进一步分为生物学过程(biological process， BP)、分子功能(molecular function，MF)和细胞组分(cellular component，CC)3个维度；KEGG 通路富集分析结果与GO功能富集结果均通过点图(dot plot)进行可视化，分析过程中采用默认参数，可视化时根据基因比例(gene ratio)和P值对通路及功能条目进行排序。此外，利用Cytoscape软件构建并展示“活性成分-靶基因-富集通路”的关联网络。
1.4.6 分子对接验证选取蛋白质-蛋白质相互作用网络中度值最高的核心靶基因进行分子对接验证：从TCMSP数据库中下载这些靶基因对应的砂淋汤活性成分的分子结构，从RCSB数据库中获取靶基因编码蛋白质的三维结构[19]；使用Pymol软件和AutoDockTool软件[20]，采用默认参数执行分子对接过程，分析活性成分与靶蛋白的结合能力及作用模式。

讨论

此次研究基于TCMSP数据库系统筛选了砂淋汤的活性成分及其对应靶基因，通过生物信息学方法将其与已知肾结石相关基因进行映射分析，成功构建了“中药成分-疾病靶点”相互作用网络。研究结果显示，砂淋汤中的活性成分可作用于多个肾结石相关靶点，这些靶点之间通过蛋白质-蛋白质相互作用形成复杂的调控网络。值得注意的是，该网络呈现出显著的多靶点、多通路特征，这与中药复方“多成分、多靶点、整体调节”的作用特点高度契合。从系统生物学视角来看，砂淋汤的作用机制体现了网络药理学的基本原理，即通过调节疾病相关分子网络的多个节点，实现对病理状态的系统性干预。这一发现不仅为理解砂淋汤的作用机制提供了新的视角，也为阐释中医药治疗复杂性疾病的理论优势提供了科学依据。在蛋白质-蛋白质网络分析中识别出多个与肾结石病理过程密切相关的核心靶点，其中，肿瘤坏死因子(TNF)作为重要的炎症递质，在肾结石形成过程中发挥着关键作用。近年研究表明，肿瘤坏死因子α不仅可通过上调肾脏上皮细胞骨桥蛋白的表达，促进草酸钙晶体的黏附与聚集，还能通过激活核因子κB信号通路，放大局部炎症反应，形成促进结石形成的微环境[21]，这一机制与中医“湿热下注”的病机特点具有内在一致性。同时，半胱天冬酶3(CASP3)作为细胞凋亡执行蛋白，在氧化应激诱导的肾小管上皮细胞损伤过程中起关键作用。研究发现，CASP3的异常活化可导致肾小管上皮细胞屏障功能受损，为晶体附着提供条件[22]。此外，临床多中心研究证实，肾结石患者肾组织中白细胞介素6(IL-6)的表达水平与肾功能损伤程度呈正相关[23-25]。这些研究结果与本研究的发现相互印证，共同支持砂淋汤可能通过协同调控肿瘤坏死因子、半胱天冬酶3、白细胞介素6等关键节点，在抑制晶体形成、减轻炎症反应与细胞凋亡等方面发挥综合作用。
砂淋汤源自张锡纯的《医学衷中参西录·医方治淋浊方》所载砂淋丸，组方思路深刻体现了“标本兼治”的治疗原则。方中白芍养血柔肝、缓急止痛，针对结石形成的“肝郁气滞”病机；黄芪补气利水、扶正固本，改善机体代谢状态；知母滋阴降火、清热利湿，直接针对石淋的“湿热下注”证候。这种配伍不仅着眼于结石这一“标”，更注重调节产生结石的体内环境这一“本”，与现代医学强调的代谢调节和微环境改善理念相互印证。特别值得注意的是，砂淋汤的组方结构体现了中医“君臣佐使”的配伍智慧，各药物之间相互协同，形成多层次、多靶点的治疗网络，这与现代网络药学的理念不谋而合。通过通路富集分析，发现砂淋汤的靶基因广泛参与白细胞介素17信号通路、Toll样受体信号通路、核因子κB信号通路等免疫炎症相关通路，以及钙信号通路、cAMP信号通路等代谢调控通路。这种多通路协同作用的特征提示砂淋汤可能通过双重机制发挥防治作用：一方面通过调节局部免疫微环境，抑制晶体形成相关的炎症反应；另一方面通过影响离子转运和代谢平衡，改变尿液的成石特性。值得注意的是，研究还发现砂淋汤中的某些活性成分具有“一成分多靶点”的特点，而同一靶点也可能受到不同成分的协同调控。这种复杂的“多重调控”关系既增强了药效的稳定性，又降低了因单一靶点抑制可能带来的不良反应，体现了中药复方在治疗复杂性疾病中的独特优势。
将研究视野进一步拓展，砂淋汤的研究模式为中医药现代化研究提供了重要启示。首先，这种基于系统药理学的研究方法可推广至其他中药复方的机制研究中，有助于解析中医方剂配伍规律的科学内涵。其次，研究结果提示应重视“证-病-方”的对应关系，建立基于中医证候的疗效评价体系。随着人工智能和大数据技术的发展，整合多组学数据、临床诊疗信息和真实世界研究结果，构建“智慧中医药”研究平台，将有助于实现中医药的精准化、个性化应用。此外，砂淋汤中多种活性成分对多个关键靶点的协同调节作用，为创新药物研发提供了新思路。相较于现代药物研发中常见的单一靶点策略，基于中药复方思路开发具有多靶点调节特性的药物组合，可能成为未来复杂性疾病治疗的新方向。在推进中医药现代化研究的过程中，应当注重中医药传统理论的传承与发展。中医理论中关于脏腑相关、经络联系、气血津液等认识，包含着对人体生命活动的独特见解。例如，中医“肾主水”理论与泌尿系统功能的关联，“肝主疏泄”对机体代谢调节的影响，这些理论认识虽然形成于古代，但其蕴含的整体观念和系统思维对现代医学仍具有重要的启发意义。通过现代科学技术方法验证和发展这些理论，不仅有助于推动中医药进步，也可能为现代医学研究提供新的思路和方法。
尽管此次研究取得了一定进展，但仍存在若干局限性。首先，TCMSP数据库收录成分有限，可能遗漏砂淋汤中部分低含量但高活性的微量成分；其次，大部分“成分-靶点”关系基于数据库预测，其真实性及生物学功能有待实验验证；此外，分子对接结果仅反映理论结合潜力，实际亲和力与调控效应需通过实验进一步确认；最后，中药本身的药材来源和工艺差异可能影响研究结果的普适性。针对这些局限，未来研究应在多组学技术整合、质量标准建立、多层次功能验证和临床研究四个方向深入展开，构建从计算预测到实验证实的完整研究体系。
综上所述，此次研究通过系统药理学方法不仅揭示了砂淋汤防治肾结石的多成分-多靶点-多通路作用机制，更重要的是探索出了一条中医药现代化研究的创新路径。这一研究既是对传统中医药理论的科学验证，也是对现代药学研究方法的丰富和发展。随着研究的深入，有望在传统智慧和现代科学之间建立更加紧密的联结，推动中医药在防治复杂性疾病中发挥更大作用，为构建人类卫生健康共同体贡献中国智慧。未来的研究应当继续深化对中药复方作用机制的认识，同时注重将现代科技手段与中医药理论特色相结合，在继承中创新，在创新中发展，逐步建立具有中国特色、体现中医药优势的研究体系。
结论：通过网络药理学分析，此次研究明确了砂淋汤的潜在活性成分、关键作用靶标(如肿瘤坏死因子、半胱天冬酶3、白细胞介素6)及其相互作用关系，揭示了砂淋汤通过“多靶标、多通路”机制发挥抗肾结石作用的核心特征。这些发现不仅为砂淋汤治疗异质性肾结石的有效性提供了理论支撑，也为后续方剂优化提供了方向，但相关机制仍需进一步实验验证。
中国组织工程研究杂志出版内容重点：干细胞；骨髓干细胞；造血干细胞；脂肪干细胞；肿瘤干细胞；胚胎干细胞；脐带脐血干细胞；干细胞诱导；干细胞分化；组织工程

分子对接与网络药理学分析砂淋汤调控晶体稳态平衡：活性成分及多靶点机制

Molecular docking and network pharmacology analyses of Shalin Decoction in regulating crystal homeostasis: active components and multi-target mechanisms

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