社长的话

    关于数据可用性的说明(2023年12月)
  • 数据可用性

    除非已经作为所提交文章的一部分提供,否则所提交稿件中报告的所有数据和相关元数据应存放在适当的公共存储库中。
    要求作者在发表文章时,不受限制地公开提供复制其研究结果所需的所有数据。当特定的法律或道德限制禁止公开分享数据集时,作者必须说明其他人如何获得数据。
    在提交稿件时,作者必须提供一份数据可用性声明(Data Availability Statement),说明是否符合期刊的数据政策。如果文章被接受发表,数据可用性声明将作为文章的一部分发表。

    最小数据集的定义(Minimal Data Set Definition)

    作者必须分享他们提交的“最小数据集”。最小数据集的定义是:包括复制文章中所有研究结果所需的数据,以及相关的元数据和方法。此外,要求作者在准备、记录和保存数据时遵守特定领域的标准。

    例如,作者应提交以下数据:

    - 报告的平均值、标准差和其他检测背后的数值。

    - 用于建立图表的数值。

    - 从图像中提取的用于分析的点。
     

    如果报告的研究中只使用了部分数据,作者不需要提交整个数据集。另外,如果该领域的标准是分享经过处理的数据,那么作者不需要提交研究期间收集的原始数据。
    不允许提及“未显示数据(data not shown)”。

    作者应将相关数据存入公共数据库或在稿件中提供这些数据。

    要求作者提供支持所有报告结果的样本图像数据(如免疫组化图像、fMRI图像等),可以随投稿文件一起提供,也可以在公共资料库中提供。

    作者必须提供原始的、未剪裁的、经过最小调整的图像,以支持文章的数字和支持信息文件中报告的所有印迹和凝胶结果。虽然在最初提交时没有必要提供原始图像,但在同行评审过程中或在提交的文章被接受发表之前,将需要这些文件。

    在审查发表后出现的与图像有关的问题时,可能会根据需要要求作者提供文章中描述的任何图像文件的基础数据,以解决这些问题。
     
    可接受的数据共享方法
    存放在数据存储库中(强烈建议)

    所有的数据和相关的元数据应存入适当的公共数据储存库,除非已经作为提交的文章的一部分提供。存储库可以是接受特定类型结构化数据的特定学科存储库,也可以是接受多种数据类型的跨学科通用存储库。

    如果存在特定领域的数据存放标准,要求作者遵守这些标准。作者应选择适合其研究领域的存储库(例如,ArrayExpress或GEO用于微阵列数据;GenBank、EMBL或DDBJ用于基因序列)。

    “数据可用性声明”必须列出存储库的名称,以及所有相关数据的数字对象标识符(DOI)、加入号或代码或其他持久性标识符。
     
    附加文件(Additional files)中的数据

    尽管我们鼓励作者直接将数据存入适当的存储库中,但数据也可以包括在“Additional files”中。
     
    可接受的数据访问限制

    在某些情况下,作者可能会因为法律或道德原因而无法公开其基础数据集。本数据政策并不凌驾于当地的法规、立法或道德框架之上。如果这些框架阻止或限制数据发布,作者必须在提交数据时在数据可用性声明中明确说明这些限制。
    第三方数据

    对于涉及第三方数据的研究,鼓励作者分享他们可以合法发布的数据。然而,作者可能正在使用他们没有权利分享的第三方数据。当第三方数据不能公开共享时,作者必须提供所有必要的信息,以便感兴趣的研究人员申请获得数据。

    对于作者不能合法发布的任何第三方数据,他们在提交时应在“数据可用性声明”中包括以下信息。

    - 对数据集和第三方来源的描述

    -如果适用,验证使用该数据集的许可

    -所有必要的联系信息,其他人需要申请获得该数据。

    作者应在稿件中适当引用并确认数据来源。请注意,如果数据是从第三方来源获得的,要求其他研究人员能够以与作者相同的方式访问该数据集。
    人类研究参与者数据和其他敏感数据

    对于涉及人类研究参与者数据或其他敏感数据的研究,我们鼓励作者分享去识别或匿名的数据。然而,当数据不能公开共享时,允许作者应要求提供其数据集。

    如果对分享敏感数据集有道德或法律限制,作者应在提交数据可用性声明时提供以下信息:

    -详细解释这些限制(例如,数据包含潜在的识别或敏感的病人信息)。

    -提供数据访问委员会、伦理委员会或其他机构的联系信息,可向其发送数据请求。
     
    推荐的存储库

    除非已经作为文章的一部分提供,否则所有的数据、软件和代码都应该存放在适当的公共存储库中。存储库可以是接受特定类型结构化数据和/或软件的特定学科存储库,也可以是接受多种数据和/或软件类型的跨学科通用存储库。

    对于环境和生物医学科学存储库和领域标准的进一步信息,建议利用FAIRsharing。此外,研究数据存储库注册中心(Re3Data)是一个跨学科领域的注册数据存储库的全面资源。FAIRsharing和Re3Data都提供了关于一系列标准的信息,以帮助研究人员确定最适合他们需求的存储库(例如,许可、证书和标准、政策等)。

    如果作者使用有明确许可政策的资源库,这些政策不应该比知识共享署名(CC BY)许可更具限制性。

    如果存在特定领域的数据或软件存放标准,要求作者遵守这些标准。作者应选择适合其研究领域的存储库(例如,ArrayExpress或GEO用于微阵列数据;GenBank、EMBL或DDBJ用于基因序列)。已经确定了的成熟存储库列举如下。
     
    跨学科的资源库(Cross-disciplinary repositories)

    专业存储库(Repositories by type)
    1.生物医学(Biomedical Sciences)


    2.神经科学(Neuroscience)

    3.组学(Omics)

    4.序列(Sequencing)
     
    数据可用性声明(Data Availability Statement)范例 
    Data Availability Statement: All relevant data are within the paper.
    Data Availability Statement: The data that support the findings of this study are available from the Spanish national statistics institute at http://www.ine.es. Death statistics were obtained from http://www.ine.es/dyngs/INEbase/es/operacion.htm?c=Estadistica_C&cid=1254736176780&menu=resultados&idp=1254735573175. Wage structure data were obtained from http://www.ine.es/dyngs/INEbase/es/categoria.htm?c=Estadistica_P&cid=1254735976594. The economically activepopulation survey was found at http://www.ine.es/dyngs/INEbase/es/operacion.htm?c=Estadistica_C&cid=1254736176918&menu=resultados&idp=1254735976595.
    Data Availability Statement: Data cannot be shared publicly, because data from this study may contain potentially or sensitive patient information. Data are anonymized, however nevertheless, dueto relatively few severe cases, patients could be identified (Medical Ethics Committee Brabant).Therefore, data from this study will be made available for researchers who meet criteria for access to confidential data. Requests may be sent to: wetenschapsbureau@etz.nl.
    Data Availability Statement: There are ethical restrictions on sharing of de-identified data for this study. The ethics committee has not agreed to the public sharing of data as we do not have the participants’ permission to share their anonymous data. Further, the dataset includes sensitive injury cases and descriptions of the mechanism of injury. It is likely given the nature of the dataset that patients may still be identifiable despite efforts to anonymise the data. Qualified and interested researchers may request access to the data by contacting Professor Kate Diesfield of the Auckland University of Technology Ethics Committee (Phone +64 9 921 9999 extn: 7837, Email ethics@aut.ac.nz) ethics reference number 20/121.
    Data Availability Statement: All relevant data are within the manuscript and its Additional files.

    几种类型数据可用性声明模板:

    (编辑:李春会)


  • 发布日期: 2023-12-28  浏览: 202