2.1   实验动物数量分析   模型组有2只大鼠死亡，每组原有12只，未进行补充。 2.2   肝癌大鼠模型的检测   在进行二乙基亚硝胺的肝癌造模前大鼠肝脏组织光滑无异物生长，造模第13周观察大鼠肝脏表面肉眼可见表层逐渐粗糙，出现了数量不等、大小不一的颗粒状病灶，直径多在1 mm以下，见图1。"

进一步生化检测发现造模后实验组大鼠血清中谷草转氨酶、谷丙转氨酶、α-L-岩藻糖苷酶、甲胎蛋白和γ-谷氨酰转肽酶指标异常升高，差异有显著性意义(P < 0.01)，见图2。符合文献造模情况的描述，说明造模成功可进入下一阶段实验。 "

2.3   加味逍遥散对肝癌并发抑郁症大鼠的肝脏病理形态具有改善作用    与空白对照组相比，模型组大鼠肝脏组织结构破坏严重，肝组织出现坏死空洞病灶，细胞核出现固缩，排列顺序紊乱；经加味逍遥散治疗后，肝组织整体坏死病灶有所改善，异常增生减少，组织学趋于正常，表明加味逍遥散能够改善大鼠病理状况，见图3A-C。"

2.4   加味逍遥散改善肝癌并发抑郁症大鼠的抑郁样行为   行为学数据显示经加味逍遥散治疗后大鼠跨格次数、垂直运动次数以及运动总距离明显增多(P < 0.05)，同时强迫水游泳实验中大鼠水中静止时间减少(P < 0.05)，见表1；另外糖水消耗实验发现，进行慢性不可预知温和应激造模后大鼠对糖水偏爱百分比明显降低，但经加味逍遥散治疗后糖水的消耗率上升(P < 0.05)，与行为学结果一致，见图4。表明了加味逍遥散能够有效改善肝癌并发抑郁症大鼠的抑郁样行为表现。"

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2.5   加味逍遥散治疗肝癌并发抑郁症大鼠的蛋白质组学研究   在蛋白质组学研究中，共鉴定到1 082个蛋白，其中加味逍遥散与模型组相比共145个，有90个上调，55个下调(表2、图5)，上调差异最大4个蛋白分别为黑素转铁蛋白(MFI2)、微管相关蛋白1(MAP1)、人源全长重组蛋白(IGHM)、免疫球蛋白重链1a(IGH-1A)，下调则是血清白蛋白(ALB)、谷胱甘肽s-转移酶(GSTM1)、丝氨酸蛋白酶抑制剂A3K(Serpina3c)、甲胎蛋白(AFP)。在Uniprot数据库中输入idmapping，根据此次鉴定到的蛋白uniprot 编号获得相应蛋白名称及基因名称，下调仅列出前差异最大的前30个蛋白信息，见表3。"

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2.6   差异蛋白的KOG功能分类、Domain功能域分析及KEGG通路分析   对鉴定出的加味逍遥散与模型组表达差异蛋白进行Unigene与COG数据库比对获得KOG的分类，主要集中在：仅供一般功能预测(General function prediction only)、翻译后修饰，蛋白质周转，伴侣(Posttranslational modification，protein turnover，chaperones)、信号转导机制(Signal transduction mechanisms)，见图6。Domain蛋白功能域主要集中在免疫球蛋白样结构域(Immunoglobulin-like domain)、免疫球蛋白v集结构域(Immunoglobulin V-set domain)、免疫球蛋白样折叠(Immunoglobulin-like fold)，见图7。KEGG信号通路富集分析显示作主要涉及5条通路：酒精中毒(Alcoholism，KEGG PATHWAY: hsa05034)、胰岛素信号通路(Insulin signaling pathway，KEGG PATHWAY: map04910)、糖解/葡萄糖生成(Glycolysis/glucose production)、叶酸生物合成等通路(Folic acid biosynthesis and other pathways)、光合生物中的碳固定作用(Carbon fixation in photosynthetic organisms)，见图8，仅展示其中2条最相关通路图。"

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2.7   蛋白质组学研究与网络药理学分析重合靶点   将加味逍遥散组的网络药理学与蛋白质组学中鉴定出的差异蛋白取交集，发现在有3个共同作用靶点，为GSTM1、PDK1、HSP90AB1，见表4，图9。在Cytoscape软件绘制“中药-化合物-靶点”的可视化网络，见图10。全方中发挥调节这些靶点的药物为甘草[灵芝酸G、Licochalcone-G；甘草香豆素、3-(2,4-dihydroxyphenyl)-8-(1,1-dimethylprop-2-enyl)-7-hydroxy-5-methoxy-coumarin；甘草查尔酮A、Licochalcone A；丙三醇、Glycyrol；半甘草异黄酮B、Semilicoisoflavone B；鳞叶甘草素B、Glepidotin B；甘草利酮、Licoricone；甘草宁、5,7-dihydroxy-3-(4-methoxyphenyl)-8-(3-methylbut-2-enyl)chromone；甘草异黄酮B、Licoisoflavone B；光甘草酮、Glabrone]；丹参(形式不对称合成天然产物、Przewalskin B)；麦芽(雪腐镰刀菌烯醇、Nivalenol)；延胡索(二氢血根碱、Dihydro sanguinarine)。"

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2.8   蛋白质组学与网络药理学重合靶点的GO分析与KEGG分析   将3个共有蛋白靶点进行GO功能分析发现直接参与神经元凋亡过程的负调控(Negative regulation of neuronal apoptotic process)的生物过程；细胞组分则是分布在细胞内液(cytosol)、细胞质基质(cytoplasm)中；分子功能蛋白激酶结合(protein kinase binding)。参与的通路则是PI3K-Akt信号通路(PI3K-Akt signaling pathway)和前列腺癌(Prostate cancer)分子信号通路，见表5。"

2.9   对血清重合差异靶点的含量验证   通过酶联免疫吸附法(Elisa)对大鼠血清中的GSTM1、PDK1和HSP90AB1具体含量进行验证。与模型组比较，经加味逍遥散治疗后血清中GSTM1表达上调，差异有显著性意义(P < 0.01)；模型组大鼠血清中PDK1和HSP90AB1的表达经加味逍遥散治疗后同样出现下调趋势。表明加味逍遥散可能通过调节GSTM1、PDK1和HSP90AB1的含量发挥治疗作用，见图11。"